As Misericórdias surgiram em Portugal no século XVI pela mão da Rainha D. Leonor, com o principio de substituir os hospitais denominados do Espirito Santo.

Estas Misericórdias foram ainda, e para além de tudo o mais, um dos elementos de que serviu a reforma eclesiástica para chamar a si a actuação dos laicos. Na necessária reformulação da Igreja, contudo sempre com grande colaboração entre ambas, mas estas assumem-se como organizações não clericais.

As Misericórdias baseiam-se em catorze obras de misericórdia, sete corporais e sete espirituais, como forma de aliviar as maleitas humanas durante uma época difícil e sem respostas sociais.

Em Santa Cruz das Flores, a Misericórdia surge em 1876 pela mão de António Vicente Peixoto Pimentel, nascido a 27 de Junho de 1827 em Santa Cruz das Flores, segundo filho de João Peixoto da Silveira, último capitão-mor e donatário de Santa Cruz e de Maria Clementina Peixoto.

Saiu cedo da ilha para estudar, primeiramente para Ponta Delgada, S. Miguel e depois para Lisboa, supõe-se que estudou Humanidades, fez parte da tão afamada Geração de 70, foi amigo pessoal de Antero de Quental, Eça de Queirós , Bordalo Pinheiro, entre outros. Era um fidalgo e frequentava a corte portuguesa do século XIX.

Segundo consta, numa viagem que efectuou de regresso a casa, no iate da família, chamado «Santa Cruz» conheceu uma rapariga muito bonita por quem se terá apaixonado perdidamente. Contudo, esta foi acometida por uma tuberculose e finou-se por falta de assistência condigna.

Então, António Vicente Peixoto Pimentel, terá feito um juramento solene , no Convento S. Boaventura, de que nas Flores nunca mais ninguém iria morrer por falta de um hospital.

A partir de então batalhou por esta ideia. Comerciante de profissão, saberia impulsionar a criação de uma instituição, à qual daria o nome do Asylo Industrial da Infância Desvalida de Santa Cruz das Flores ( mais tarde Irmandade da Santa Casa da Misericórdia de Santa Cruz das Flores).

Com o seu incentivo foram levadas a cabo várias iniciativas, desde peditórios pelas ruas de Lisboa até peças de teatro levadas à cena no Teatro Nacional D. Maria.

Por cá, aliou-se aos seus irmãos, João Peixoto, Morgado de Santa Cruz, e sobretudo a sua irmã Maria Barbara Peixoto, que percorreu a ilha a pé, a fazer um peditório , onde as pessoas ofereciam o que podiam, muitos ofereceram estrigas de linho (torcidas de fio de linho), que D. Bárbara fiou e teceu com ajuda, para fazer todos os lençóis e toalhas tão necessárias ao hospital.